我院前身为“中山医科大学深圳医疗中心”，于1986年应深圳市政府邀请，由原中山医科大学附属第一医院在深创建，医院创始人为著名的泌尿外科学泰斗梅骅教授。1997年医院更名为“中山医科大学深圳泌尿外科医院”，并创建了深圳市第一家生殖医学中心。2003年更名为“深圳中山泌尿外科医院”。 长期与中山大学合作，使我院成为“中山大学附属一院深圳院区”。
建院27年来，在本院资深专家团队及中山大学专家教授的带领下，以精湛的医疗技术和高质量的医疗服务多次赢得媒体“教授医院”的美誉。医院以“泌尿外科”和“生殖医学”为重点的专科医院。2011年我院“泌尿外科”、“生殖实验室”被评为深圳市医学重点学科（群）；同年，由我院泌尿外科牵头组建了深圳市小儿泌尿外科学组，生殖医学中心获批设立深圳市博士后创新实践基地；2012年经深圳市科技创新委员会批准，在我院设立“深圳市围着床期生殖免疫重点实验室”。医院连续六年荣获深圳市医保信用等级AAA单位。
医院拥有医护人员246人，其中高级职称及硕博士48人。2013年度总收入为1.95亿元、门诊量25万余人次、手术量近8000例；拥有科研设备价值近5200万元。近年累计获批省市科研课题共19项、发表论文100余篇（其中SCI论文15篇）、获批国家专利11项。
我院泌尿外科不断完善“专科体系”建设，被评为深圳市重点学科（优势学科群），成立了尿石症实验室, 成为民营医院改革中的典范。着重在泌尿生殖肿瘤、小儿泌尿、女性泌尿、泌尿结石、男科病等重点领域里不断加大学科建设与科研创新，力争达到国内领先水平。
生殖医学中心为院重点科室，由三个部门组成：“生殖助孕中心”、“复发性流产及反复胚胎种植失败诊疗中心”及“生殖与遗传研究所(生殖实验室)”。医院生殖医学中心为深圳市规模最大的中心，每年开展“试管婴儿”周期4000例以上。
医院坚持“以人为本、热忱服务、坚守诚信、开拓进取”的办院宗旨，重点建设“泌尿外科、生殖医学”两个专科，及与其密切相关的男科和妇产科，以“大专科、小综合”的模式发展医院。